Buổi lễ bốc thăm chia bảng diễn ra trang trọng tại Cape Town, Nam Phi ngày 4 tháng 12 năm 2009. Nữ diễn viên, Charlize Theron, và thư ký FIFA Jérôme Valcke tiến hành bốc các lá thăm.[12] 32 đội tuyển được chia thành bốn nhóm. Nhóm 1 là nhóm hạt giống và đội chủ nhà Nam Phi. Nhóm 2 gồm các đội AFC, khu vực CONCACAF và OFC. Nhóm 3 gồm các đội Nam Mỹ và châu Phi không phải là hạt giống. Nhóm 4 gồm các đội châu Âu không phải là hạt giống. Việc chọn các đội hạt giống dựa vào bảng xếp hạng của FIFA vào thời điểm tháng 10 năm 2009.[13]

Đội chủ nhà Nam Phi được xếp tự động vào bảng A. Bảy đội hạt giống khác được phân chia vào các bảng từ B đến H. Mỗi bảng sẽ có một đội của mỗi nhóm. Trừ châu Âu, thể thức bốc thăm đảm bảo để không có cùng hai đội thuộc cùng một liên đoàn rơi vào chung một bảng. Nam Phi sẽ tránh các đội châu Phi ở nhóm 3, còn Argentina và Brasil sẽ tránh các đội Nam Mỹ ở nhóm này. Hai đội châu Phi được bốc ra đầu tiên sẽ vào cùng bảng với Argentina và Brasil.[14]